Man vermutete schon lange, dass die Wildkirchli-Höhle in früheren Zeiten bewohnt wurde. Erste schriftliche Erwähnungen von Spuren finden sich aber erst um 1850: So berichtete der zweitletzte Eremit von tierknochen und -zähnen, die er und sein Nachfolger sogar als souvenirs verkauften.

Die Funde weckten die Neugier der Wissenschaft, sodass 1903 der St. Galler Naturforscher Emil Bächler erste systematische Grabungen durchführte. Zu Tage kamen eine grosse anzahl von tierskeletten und – als archäologische Sensation – auch von Neandertalern bearbeitete Steine. Die daraus gezogenen Schlussfolgerungen zu Bärenjägern und einem Bärenkult sorgten für jahrelange Diskussionen unter den Wissenschaftlern.

1959 widerlegte die Basler Archäologin Elisabeth Schmid nach einer zweiten Grabung die Theorien, bestätigte jedoch die Funde.

So gelang im Wildkirchli der erstmalige Beweis, dass vor über 30 000 jahren menschen in dieser Höhe in den nördlichen Voralpen lebten.