In den letzten etwa 600 000 Jahren traten im Alpenraum mehrere grosse Klimaschwankungen auf, die jeweils mehrere 10 000 Jahre dauerten. Extreme Kälteperioden, Eiszeiten genannt, wechselten sich mit warmen Zwischeneiszeiten ab.
Heute leben wir in einer Zwischeneiszeit. Während der Eiszeiten war jeweils der grösste Teil der heutigen Schweiz mit Gletschereis bedeckt, das in den Alpentälern 500 bis 1200 Meter dick war.
In der letzten Eiszeit vor 115 000 Jahren bis vor 10 000 Jahren drang der Säntisgletscher immer wieder in die Täler des Alpsteins vor. Sein Höchststand ist durch wenige Moränenreste an einigen Hängen bezeugt. Der gewaltige Rheingletscher quoll damals über niedrige Passstellen hinweg, nahm den Säntisgletscher auf und überdeckte ausser einzelnen Höhen das ganze Gebiet bis über den Bodensee hinaus.
Die Ebenalp mit dem Wildkirchli lag jedoch stets über der Eisgrenze.
Der Witterung ausgesetzt
Da die Felswände oberhalb der Eisgrenze Wind und Wetter und einem konstanten Wechsel von Gefrieren und Tauen ausgesetzt waren, witterten sie sehr stark ab und veränderten sich im Laufe der Jahrtausende markant.
So lagen die Öffnungen der Wildkirchli-Höhle einst viel weiter vorne. Schon immer floss aber Wasser in feinste Risse des Felsens und sprengte beim Gefrieren Steine ab, die ins Tal stürzten oder auf dem Höhlenboden als Steinschutt und Lehm liegen blieben.
Im Laufe der Jahrtausende sammelte sich so in der Höhle eine Erdschicht von gut fünf Metern an, während sich die Höhlendecke konstant hob. Der Rhythmus der Klimaschwankungen lässt sich in den unterschiedlichen Erdschichten gut ablesen.
Durch die Abwitterung ist ein Teil der Erdschichten im vorderen Teil der Höhle in die Tiefe gerissen worden, was wohl ein Grund ist, dass im Wildkirchli keine Spuren von Feuerstellen gefunden wurden.
Der Prozess setzt sich natürlich auch in heutiger Zeit fort.